Nel caso si renda necessario inviare una Certificazione di sostituzione di una Certificazione (che sia ordinaria oppure sostitutiva) già inviata e NON accolta (NON protocollata) dall’Agenzia delle Entrate occorre seguire la seguente procedura:
Accedere al Menù Utilità e selezionare la funzione “Copia –Sostituti;
selezionare nel campo “Tipo operazione” il valore “Copia solo sostituto”:
da Menù Archivi – Accesso Certificazione Unica selezionare il sostituto copiato e entrare nella Comunicazione;
accedere al quadro Certificazione Unica ed eseguire
la funzione “Copia lavoratori” presente nel pannello "Altri comandi"
a destra per copiare i lavoratori da annullare e/o sostituire 
;
nel campo “Copia degli importi” indicare il valore “SI”:
dopo aver copiato tutti i lavoratori da sostituire uscire dalla Comunicazione;
accedere al Menù Utilità e selezionare la voce “Ricalcolo Quadro Certificazione Unica”;
dopo aver eseguito il ricalcolo rientrare nella Comunicazione e impostare nel quadro Impostazioni la spunta su “Comunicazione Chiusa”;
cliccare sul bottone 
per generare
il file da inviare all’Agenzia delle Entrate.
Nota:
Non è necessario impostare il valore "Sostituzione" nel campo "Tipo operazione " presente nel quadro Certificazione Unica - Altri dati in quanto la Certificazione Unica in questo caso non è stata accolta dall'Agenzia delle Entrate.